Nicht jeder Filter ist für ein Garnelenbecken geeignet. Das gilt vor allem für motorbetriebene Filter mit einem offenen Ansaugstutzen. Garnelen und vor allem ihre kleinen Larven und Junggarnelen könnten damit eingesaugt und verletzt werden. Besser geeignet sind Innenfilter mit einer Schaumstoffpatrone, die nach dem Luftheberprinzip betrieben werden. Optimal ist der Hamburger Mattenfilter, bei dem sich eine große, feinporige Filteroberfläche mit einer geringen Durchflussgeschwindigkeit vereint. Für große Aquarien kommt auch ein Bodenfilter in Frage, vor allem wenn man Fächergarnelen hält. Mit einem Bodenfilter kann man über einen leistungsstarken Außenfilter hohe Strömungsgeschwindigkeiten erzeugen, ohne dass übermäßig viele Futterreste und Schwebstoff in den Bodengrund eingesaugt werden.
Zum Temperieren des Aquarienwassers eignen sich auch für Garnelenbecken die in Aquarien üblichen Thermostatheizstäbe. Es muss jedoch beachten werden, dass Garnelen an bestimmte Temperaturbereiche angepasst sind. Nähere Angaben zur tolerierten Temperaturspanne und dem optimalen Temperaturbereich findet man bei den jeweiligen Artbeschreibungen. Viele Garnelen reagieren ausgesprochen empfindlich auf zu hohe oder zu niedrige Wassertemperaturen, das gilt besonders für Wildfänge und Neuimporte. Generell kann man davon ausgehen, dass Garnelenarten aus den tropischen Regenwaldgebieten konstant hohe Temperaturen benötigen, während Arten aus subtropischen Regionen jahresszeitliche und tagesperiodische Temperaturschwankungen gewohnt sind. Hier kann eine Herabsetzung der Wassertemperatur, um sie anschließend wieder deutlich zu erhöhen, die Widerstandskräfte fördern und die Fortpflanzungsbereitschaft solcher Garnelen stimulieren. Bei den wenigen mitteleuropäischen Arten kann ganz auf eine Aquarienheizung verzichtet werden. Zu hohe Temperaturen werden von den meisten Garnelen schlechter vertragen als zu niedrige. Ein besonderes Problem ist die Überhitzungsgefahr während der heißen Sommermonate. Da Garnelenaquarien ausbruchssicher mit einer dicht schließenden Abdeckung ausgestattet sein sollten, kann es dann schnell zu einem Hitzestau kommen. Als Erstmaßnahme wird empfohlen, die Aquarienbeleuchtung abzuschalten, die Abdeckscheibe aus Glas durch ein feinmaschiges Gitter zu ersetzen und sobald als möglich einen zusätzlichen Teilwasserwechsel vorzunehmen.
Eine an die Beckengröße angepasste Aquarienbeleuchtung, die in die Abdeckung integriert ist, ist grundsätzlich auch für ein Garnelenaquarium sinnvoll, da das Wachstum von Algenaufwuchs gefördert werden muss, welches die wichtigste Nahrungsgrundlage für viele Zwerggarnelenarten darstellt. Andererseits lieben es gerade die farbenprächtigsten Garnelenarten, dämmerungs- und nachtaktive Arten und solche, deren Heimat die tropischen Regenwaldgewässern sind, eher gedämpft. Ist die Lichteinstrahlung zu stark, dann trauen sie sich tagsüber kaum aus der Deckung, mag das Nahrungsangebot auch noch so verlockend sein. Die Garnelen fühlen sich dann unwohl und ihre Farben verblassen. Am einfachsten lässt sich in solchen Fällen die Aquarienbeleuchtung durch eine Schwimmpflanzendecke dämpfen.
Garnelenarten aus schnellfließenden Bergbächen haben in der Regel einen höheren Sauerstoffbedarf als Arten aus stehenden Gewässern. Dies gilt besonders für Fächergarnelen. Hier muss zusätzlich zum Filter eine Membranpumpe mit Ausströmerstein für die notwendige Belüftung sorgen. Generell gilt, dass mit zunehmender Wassertemperatur die Stoffwechselaktivität und damit auch der Sauerstoffbedarf der Garnelen deutlich steigt. Gleichzeitig nimmt aber die maximale Sauerstoff-Sättigungskonzentration des Wassers drastisch ab: Bei Wassertemperaturen von etwa 16°C und einem mittleren Luftdruck ca. 10mg O2/l, bei Temperaturen um die 24°C noch 9mg O2/l und bei einer Wassertemperatur von 30°C nur noch 7mg O2/l. Gerade die oft als robust und pflegleicht angepriesenen Red Fire-Garnelen scheinen auf Sauerstoffmangel empfindlich zu reagieren. In stehenden Gewässern ist die Sauerstoffkonzentration am Boden am niedrigsten, und die meisten Garnelen halten sich ja im Bodenbereich auf. Daher ist ein vertikaler Wasseraustausch im Aquarium umso wichtiger. Dieser kann vor allem durch eine zusätzliche Belüftung über einen Ausströmerstein erreicht werden.
